На сегодняшний момент на морском транспорте первое место в грузообороте перешло к Дальневосточному бассейну (46,5 % всех отправленных грузов в 2001 г. морским транспортом России), через порты которого осуществляются внешнеторговые связи со странами Тихоокеанского региона, а также обеспечиваются транспортно-экономические связи с прибрежными районами Дальнего Востока. К наиболее крупным относятся морские порты на берегу Японского моря: Владивосток, Находка, расположенный около нее новый  порт Восточный с крупными угольным и лесным терминалами, а также порт Ванино на линии железнодорожной морской паромной переправы Ванино-Холмск (о. Сахалин).

На втором месте  Черноморско-Азовский бассейн (23,7% отправленных грузов). Через оставшиеся у России порты Черноморского бассейна ведется в основном экспорт нефти. Здесь находится самый крупный по грузообороту России нефтяной порт Новороссийск с глубоководным нефтепирсом «Шесхарис», позволяющим обслуживать суда грузоподъемностью до 250 тыс. т. Меньшее значение имеет также нефтяной порт Туапсе. Реализация крупных нефтедобывающих проектов в Казахстане и Азербайджане, а также потребности России в экспорте сжиженного газа создали предпосылки для строительства на Черноморском побережье России ряда новых нефтяных и газовых портов и причалов. Предполагается также развитие Таганрогского порта и строительство на Азовском побережье нового крупного морского порта.

В бассейне Северного ледовитого океана (третье место по объемам отправленных грузов - 15 %) выделяются два порта – Мурманск, на побережье Баренцева моря, и Архангельск - специализированный лесоэкспортный порт России, который является единственным незамерзающим портом России на Севере.

Важное значение для обеспечения районов Крайнего Севера России имеют порты Диксон, Дудинка, Игарка, Тикси, Певек, расположенные на трассе Северного морского пути. В наиболее грузонапряженном западном секторе Севморпути (Мурманск - Дудинка) с помощью атомных ледоколов налажена круглогодичная навигация. На восточном участке (от Диксона до бухты Провидения) навигация ведется эпизодически.

Балтийский бассейн занимает примерно такое же место по отправле-нию грузов,  как и бассейн Северного Ледовитого океана (14,5 %). В его пределах расположен самый крупный универсальный российский порт - Санкт-Петербург. Меньший грузооборот имеет Калининградский порт. Однако его значение для обеспечения транспортных связей Калининградской области с основной территорией России трудно переоценить.

В Каспийском бассейне (всего 0,4 % отправленных грузов) действуют два относительно крупных порта: Махачкалинский и совмещенный морской и речной Астраханский. В связи с повышением уровня Каспийского моря в работе каспийских портов, особенно Махачкалинского, наблюдаются значительные трудности.

Необходимость взаимосвязанного решения указанных  выше проблем в условиях ограниченности финансовых ресурсов потребовала разработки  многих проектов возрождения морского флота, в частности, проекта федеральной целевой программы (ФЦП) Мировой океан .

Служба морского флота приняла активное участие в разработке ФЦП Мировой океан и представила согласованные с Министерством науки РФ предложения в Министерство экономики РФ по разделу 8 Транспортные коммуникации России в Мировом океане . Основной задачей этих мероприятий является привлечение дополнительных грузопотоков.

Теперь перейдем непосредственно к главному. Специфика морского транспорта заключается в том, что основная масса перевозок осуществляется на международных направлениях. Однако в последние годы объемы перевозок снизились в результате снижения отечественного производства и в значительной степени по причине уменьшения тоннажа морских судов из-за старения флота и крайне неудовлетворительного пополнения новыми судами.

В настоящее время средний возраст морских судов российского флота составляет 19 лет, в то время как в мировом морском флоте идет постоянное обновление благодаря строительству новых судов.

Правительство РФ осознает сложность положения на таком важном для страны виде транспорта. В соответствии с Государственной программой возрождения торгового флота России проделана определенная работа по строительству транспортных судов, увеличению пропускных способностей морских и речных портов, поддержанию объектов. обеспечивающих безопасность мореплавания, ремонт и обслуживание судов с ядерными энергетическими установками. Флот российских судоходных компаний пополнился 70 морскими судами общим дедвейтом 1 1251 тыс.т.

Вместе с тем, реализация Программы идет с отставанием. Участие зарубежных судоходных компаний в перевозках российских внешнеторговых грузов составило в 1996 году 85% общего объема перевозок, 30% внешнеторговых грузов перегружается в портах сопредельных государств.

Теперь можно проследить выполнение вышеуказанных программ по бассейнам: