В России резко упали объёмы грузовых перевозок, и поэтому с железных дорог высвободилось много локомотивов и не покупались новые. Поэтому, на Новочеркасском электровозостроительном заводе, было принято решение о начале разработок пригородных электропоездов. Встал вопрос по постройке и испытании электропоезда ЭН1 (можно было изготовлять уже в 1996 году).

В это время на экспериментальном кольце прошли успешные испытания макетной секции с асинхронным тяговым приводом, в процессе которых удалось решить ряд проблем, связанных с асинхронным тяговым приводом. Тогда МПС приняло решение по разработке нового электропоезда ЭН3 и отменить проект ЭН1. Так появился электропоезд ЭН3.

Работы над ЭН3 были закончены в 1998 году. Был сделан пригородный электропоезд переменного тока с плавным тиристорным регулированием, асинхронным тяговым приводом и рекуперативным торможением. Над поездом работали фирмы: АО «ДМЗ» (сделали кузов, тележки), Сибстанкоэлектропривод, МИИТ и ВНИИЖТ, которые работали над тяговым приводом и микропроцессорной системой управления. Электропоезд состоит из двух пятивагонных сцепов (в каждый из них входит 2 головных вагона, 2 моторных и 1 прицепной